La comisión Provincial de Bellas Artes fue creada por decreto del Gobierno de la provincia con fecha 14 de noviembre de 1934, con carácter honorario. La función que cumpliría era de acción docente, difusión artística y extensión cultural.
La primer comisión se constituyó el 24 de junio de 1935 con Eduardo Garro como presidente y vicepresidente Dalmiro Podestá de Oro; y el resto de los integrantes eran: Fernando Bermúdez Franco, Alfredo Martin Palma, Antonio Gil, Diego de Huertos, Manuel Marín Ibáñez, Antonio de la Torre, José María Pineda, Alfredo Cimorelli, Eduardo Carrizo y Guillermo Mallea. Esta comisión se mantuvo hasta 1955, con algunas pequeñas modificaciones. Luego se suman Honorio Basualdo, Nello Raffo e Inocencio Aguado, Fernando Bermúdez Franco y Alfredo Astorga Correa.
En el mes de marzo de 1940, le encomiendan a Olindo Dávoli gestionar en la Capital Federal la adquisición de obras pictóricas de autores que hayan sido premiados en el Salón Nacional de Primavera y otras, previa consulta a la comisión. En 1946, se designa a Nello Rafo.
La comisión tiene un receso, hasta julio de 1955 cuando se nombra una nueva comisión. La integran los señores Antonio Núñez Millán como presidente, Nello Raffo secretario y vocales José María Pineda, Manuel Marín Ibáñez, Octavio Figueroa y Vicente Genovese.
Para esta ocasión la sede del museo se encuentra en el edificio de la Escuela Superior Sarmiento en Av. Libertador Gral. San Martin y Catamarca.
En mayo de 1957 se crea la Dirección de Cultura, y en adelante la comisión dependerá y cumplirá la función de comisión asesora de la Dirección de Cultura en lugar del Ministerio de Gobierno.
Como no tenían sede se reúnen en principio en las instalaciones de la Casa Italia, luego en calle Rivadavia 1460 (propiedad de la firma Santiago Graffigna Limitada).
El 26 de noviembre de 1936, se inaugura en estas instalaciones, el Museo Provincial de Bellas Artes Franklin Rawson, con obras del Museo Nacional de Bellas Artes y las obras premiadas del XXV Salón Nacional. El 10 de diciembre se designa encargada del museo a la Sra. María Gómez Vda. de Arancibia.
Entre las numerosas actuaciones podemos mencionar: Organización de exposiciones, gestión de donaciones y compra de obras, de libros, trabajos de restauración, etc.
Organizan el primer Salón Anual de Bellas Artes, el cual es inaugurado el 12 de octubre. En adelante este salón se realizará todos los años.
Las primeras adquisiciones de obras de arte con fondos nacionales del año 1941, son de los siguientes artistas: Lino Spilimbergo, Antonio Berni, Enrique de Larrañaga, Ramón Gómez Cornet, Héctor Basaldúa, Enrique Borla, Francisco Vidal, Santiago Stringa, Juan Carlos Miraglia, Fray Guillermo Butler, Adolfo Montero, Gastón Jarry, José M. Calvo, Franklin Rawson y Hercules Solari.
En 1942 se adquieren obras de: Antonio Alice, Miguel Carlos Victorica, Emilio Centurión, Miguel Burgoa Videla, Raúl Maza, Lía Correa Morales de Irurtia, Carlos Ripamonte, Agustín Riganelli, Juan Leone, Troiano Troiani, José de Luca, Antonio Sassone, Juan Grillo, Stephan Erzia, Juan Carlos Oliva Navarro, Guillermo Facio Hebecquer, Koek Koek, Isabel Roca de Larrañaga, se reciben las siguientes donaciones: Eduardo Sivori, Víctor de Pol, tres obras de Gregorio Torres, un Anónimo, Amadeo Gras y Santiago Godoy.
El 15 de enero de ese año, un terrible terremoto sacudió la ciudad de San Juan, destruyendo el edificio que ocupaba el museo y ocasionando numerosos daños y pérdidas. A partir de ese momento el edificio fue cambiando de sedes hasta que fue trasladado a en 1978 al antiguo edificio de la Escuela Normal San Martín lugar que ocupa hasta el día de hoy.
A lo largo de de su trayectoria se adquiere paulatinamente la obra que hoy forma parte de la colección. Entre los autores más relevantes, sumados a la lista antes mencionada, se encuentran: Soldi, Gustabino, Guttero, Petorutti, Merediz, Scotti, Larco, Monvoisin, De la Cárcova, Forner, Rawson, Thibón de Libian, Quinquela Martín, Mónaco, Azzoni y los sanjuaninos Genovese, Terranova, Bruzzone, Sastre, Paredes, Torresán, Suarez Joffre, y artistas nacionales contemporáneos como Noe, Wells, entre muchos otros.
En 1999 una donación de la familia Lago, enriquece la colección con obras de pintura europea, incluyendo dos obras atribuidas a Rubens y Van Dyck, y numerosas piezas valiosísimas de arte decorativo.