Merlo tuvo en este ciclo una relación distante y que empeoró con el paso del tiempo con los referentes del plantel de Racing. Un caso fue el de Sebastián Saja, el capitán, en ningún momento salió a respaldar públicamente el apoyo al DT. En tanto, se peleó y lo separó del plantel (provocando su retiro de la actividad) al volante, Mauro Camoranesi, quien cuestionó al coach por sus planteos defensivos.