El Segemar está integrado por dos unidades especializadas: Instituto de Geología y Recursos Minerales (IGRM), responsable del reconocimiento y caracterización de los recursos naturales no renovables, mapeo geológico y producción de mapas geológicos y temáticos. Y el Instituto de Tecnología Minera (ITEMIN), a cargo del proceso tecnológico para el sector minero, que contribuye a la selección, desarrollo, adaptación, generación y difusión del conocimiento científico y tecnológico aplicado.