Emilio Mendoza es justicialista desde la primera hora, pero hoy está lejos de la estructura orgánica por desacuerdos con el gojismo. Fiel a su estilo desafiante, amagó con plantearle internas por la presidencia del PJ a José Luis Gioja, pero después se bajó. Fue intendente por dos periodos consecutivos y como en 2007 no compartía el apoyo del partido a la candidatura a intendente de Juan Elizondo, fue por afuera: se postuló al cargo de diputado departamental con el sello del PRO, no hizo una buena elección y, por primera vez en mucho tiempo, se quedó sin cargo en la función pública. Amigo y hombre de confianza del ex gobernador fallecido Juan Carlos Rojas, ahora dice que quiere volver a la militancia activa y no descarta pelear por conducir de nuevo su departamento.
Sus gestiones de intendente tuvieron momentos de convulsión. Duramente cuestionado por ser jefe comunal y al mismo tiempo dirigir la Cooperativa Eléctrica de Caucete, en 2002 se inició un proceso para destituirlo, pero en una consulta popular se impuso el sí a su continuidad.
