El cargo de rector es de relevante importancia porque al que ocupa el cargo le toca, por ejemplo, decidir el destino del segundo presupuesto en la provincia, que para el 2012 es de 530 millones de pesos. Es, además, el coordinador natural de las gestiones que se llevan a cabo en las unidades académicas, es decir facultades y colegios, y le toca presidir el Consejo Superior, que es el cuerpo legislativo y máximo órgano de decisión de la casa de estudios. También representa a la UNSJ en el Consejo Interuniversitario Nacional y ante el Ministerio de Educación de la Nación. En la relación con el Gobierno provincial, le toca mediar ante las demandas oficiales, por ejemplo de proyectos de desarrollo.