Desde los primeros momentos el museo ha ocupado cuatro locales alquilados (dos viviendas en la ciudad de San Juan y un vetusto hotel termal en La Laja, Albardón) en cada uno de los cuales se debió adaptar la exhibición a las características preexistentes de los edificios. En este momento, y con el valioso apoyo de las autoridades de la Facultad de Filosofía, Humanidades y Artes se encuentra acondicionando el nuevo local que ocupa en Ruta 40 (lateral este, entre Progreso y Calle 5) Rawson. En él se proyectó mantener la muestra básica pero con el agregado de una sala de exhibición temporaria, donde se realizan exposiciones temáticas de diferentes trabajos o aspectos en forma diferencial y más detallada, y una pequeña sala de conferencias que sirve tanto para dictar cursos como para realizar disertaciones para el público en general.
El Museo Arqueológico no sólo guarda los restos del pasado, sino que lo conserva adecuadamente y los estudia para aportar a este conocimiento original. La mayor parte de las piezas en exhibición o en depósito han sido obtenidas de trabajos arqueológicos sistemáticos realizados en la provincia por el Prof. Gambier o bajo su dirección y continuados por la Dra. Catalina Teresa Michieli (actual directora), una mínima parte corresponden a hallazgos casuales realizados por particulares que han entregado el bien para su custodia y conocimiento. El museo tiene la particularidad de exhibir los testimonios de la prehistoria de San Juan que son variados y, gracias a las condiciones de conservación de los distintos ambientes de la provincia, en muchos casos únicos en el mundo. La exhibición ha sido varias veces actualizada con el agregado de nueva información y piezas arqueológicas como producto de los permanentes trabajos de investigación.