El debut con Independiente

Luego de 452 de abstinencia, Palermo logró el primer con en el Xeneize. Por el Apertura del 97´, el 30 de septiembre, lo sufrió Independiente en la Bombonera.

Centena y otro titulo

El 17 de diciembre del 2004, Martín logró su gol 100 con Boca. Fue ante el Bolívar de Bolivia en la final de la Sudamericana que obtuvo el Xeneize.