Como otras vacunas para proteger contra infecciones virales, las del HPV estimulan al cuerpo para que produzca anticuerpos que, en encuentros futuros con éste se unirán al virus y le impedirán que infecte células. Las vacunas actuales contra HPV se basan en partículas que semejan virus y que son formadas por componentes de la superficie de los HPV. Estas no son infecciosas porque les falta el ADN del virus, sin embargo, se parecen mucho al virus natural, y los anticuerpos contra esas partículas tienen también actividad contra el virus natural. Se ha descubierto que las partículas son muy inmunogénicas, lo que significa que ellas causan una gran producción de anticuerpos por el cuerpo.
Eso demuestra que son altamente eficaces para prevenir la infección por los tipos de HPV a los que atacan cuando se administran antes de la exposición inicial al virus, es decir, antes de que el individuo tenga actividad sexual.
En los estudios que llevaron a la aprobación de las vacunas que se colocan en la actualidad, se encontró que proveen casi un ciento por ciento de protección contra infecciones persistentes del cuello uterino por los tipos 16 y 18; y contra los cambios celulares del cuello uterino que pueden causar estas infecciones persistentes.