Con el nuevo formato del Argentino A, Desamparados cambiará de rivales en el Clausura que comenzará el 17 de enero de 2010. Su primer rival será Alumni de Villa María y lo recibirá en San Juan, luego tendrá fecha libre y en la tercera fecha irá a Bahía Blanca para visitar a Villa Mitre. En la cuarta será anfitrión de Cipolletti de Río Negro, mientras que en la quinta irá a Río Cuarto para jugar con Estudiantes. En la sexta, habrá clásico ya que recibirá a Deportivo Maipú de Mendoza, en tanto que en la séptima irá a San Luis para visitar a Juventud Unida. en la octava recibirá a Huracán de Tres Arroyos y en la novena, tendrá que ir a Puerto Madryn para enfrentar a Brown, En la segunda rueda invertirá las localías y terminará como local ante los sureños el 18 de abril.
