Una vez ya clasificados los 20 equipos (pasan a la siguiente fase tres equipos de 6 las zonas de siete y dos de la de seis), se disputará la segunda fase por eliminación directa en partidos de ida y vuelta. Los cruces se definirán por proximidad geográfica. Los diez ganadores pasarán a la ronda final que se jugará una vez que se conozcan los diez clasificados del Clausura, que se disputará con la misma metodología.