Tras la demanda en sede Civil, Glencore interpuso una denuncia Penal contra los responsables de Los Pelambres por la presunta comisión de los delitos de usurpación del territorio argentino, violación de la ley de residuos peligrosos y llevar sin permiso agua sanjuanina a suelo chileno. La denuncia recayó en el juzgado que dirige Leopoldo Rago Gallo, que decidió abrir la investigación. La minera sostiene que Pelambres construyó un acueducto para trasladar agua desde El Pachón a Chile. Se habla de unos 67 litros por segundo, aproximadamente. La firma chilena sostiene que los tribunales argentinos no tienen jurisdicción y que la solución pasa por un plan de cierre del botadero que debe ser acordado por ambos Estados.
