El anhelo de Alfredo Avelín fue alcanzar la cúspide local. Lo intentó en 7 oportunidades, bajo el sello de su partido, la Cruzada Renovadora, pero perdió en todas las contiendas. En su octava disputa, por fin pudo cumplir ese sueño. Para los comicios de 1999, se alió con radicales y bloquistas, entre otros, y conformaron la Alianza para vencer al PJ, que estaba en el poder de la mano de Jorge Escobar. El 16 de mayo, la alianza opositora se impuso con el 56 por ciento de los votos. Para la Alianza a nivel nacional, representó el primer triunfo en el país, de cara a las presidenciales de octubre. La relevancia del triunfo quedó de manifiesto en las visitas de los candidatos a presidente y vice, Fernando De la Rúa y Carlos ‘Chacho‘ Álvarez, respectivamente. Con el resultado a favor de Avelín, celebraron en un hotel céntrico con sus aliados sanjuaninos.
La primera medida que encaró en su gestión fue ajustar los sueldos de los funcionarios, incluido el suyo. Su compromiso lo llevó a ceder dos terrenos de su propiedad a la Secretaría de Acción Social. En una de esas propiedades se construyó un hogar para la atención de chicos de la calle y en la restante, un centro de actividades para abuelos.
En el marco de las obras que llevó adelante, construyó 1.100 viviendas con fondos provinciales y de la Nación. Continuó con los trabajos para la construcción del Dique Los Caracoles y ordenó que la empresa Panedille le donara 17 ambulancias a la provincia para repartirlas en los municipios, un trailer sanitario y una fábrica de medicamentos para el Centro de Adiestramiento de Rawson. Ante un relevamiento sobre la situación edilicia de las escuelas, declaró la emergencia educativa y logró recuperar 48 instituciones. Además, inauguró el camino, con sus limitaciones, por la Quebrada de las Burras que va a Calingasta.
Frente a la crisis económica que debió enfrentar, trató de paliar la desocupación con la entrega de 7 mil pasantías de 150 pesos.
LA DESTITUCIÓN
El miércoles 25 de diciembre de 2002, a meses de cumplir tres años como Gobernador, Alfredo Avelín fue destituido. Mientras la provincia hervía con manifestaciones y paros de los empleados públicos, la Intergremial (conformada por sindicatos como UDAP, ATE y UPCN, entre otros) presentó un pedido de remoción y tras un largo proceso, la Cámara de Diputados lo encontró culpable de tres cargos: administración deficiente y negligente de la provincia, violar el derecho constitucional de garantizar el acceso a la salud y no garantizar el acceso a la educación por no hacer nada para que se retomen las clases.
Avelín ya estaba suspendido en el cargo desde el 26 de agosto, día en el que le rompió la notificación en la cara al secretario legislativo. Cuando fue destituido, la resolución fue enviada a su domicilio particular, pero no estaba porque se fue a atender enfermos, según contó él mismo.
Antes, contra Avelín ya se habían presentado dos pedidos de juicio político. Ninguno prosperó y mucho tuvieron que ver sus aliados y hasta los justicialistas. En los partidos políticos con representación legislativa local hubo encendidos debates internos, pero finalmente prevaleció la idea de no avanzar. Desde el bloquismo, la UCR y el peronismo, que ya lideraba José Luis Gioja, la decisión fue sostenerlo para evitar que la crisis institucional de la provincia se agravara.
La remoción del cruzadista, que fue reemplazado por el entonces vicegobernador, el bloquista Wbaldino Acosta, fue el final de una gestión convulsionada. Todo, producto de una profunda crisis que se tradujo en un atraso de tres meses en el pago de sueldos a los estatales.
San Juan venía arrastrando una deuda flotante de 280 millones de pesos y al igual que el resto de las provincias, buscaba renegociar su deuda con la Nación. A cambio, debían ajustar sus cuentas. Avelín se negó a ejecutar esa condición y descargó artillería pesada contra funcionarios nacionales que le debían dar el OK a la prórroga de los vencimientos. Quienes lo acompañaron a una reunión en Capital Federal contaron que en la cara trató de “mafioso” a Domingo Cavallo cuando era ministro de Economía de De la Rúa. Después, cuando el radical ya había renunciado, lanzó críticas hacia Eduardo Duhalde como presidente de transición, no acompañó una votación clave que pedía el Ejecutivo nacional en el Congreso y la refinanciación no se pudo firmar hasta que el caudillo dejó el cargo de Gobernador.