El 10 de diciembre de 2003, a José Luis Gioja se le cumplía lo que definió como +el sueño del pibe+: asumía su primer mandato como gobernador de la provincia. Tras el acto formal en el auditorio Juan Victoria, arrancaba una gestión que se caracterizó por un fuerte impulso a la obra pública, el apoyo al complejo agroindustrial y el aval a la gran minería como política de Estado, entre otros puntos. La administración giojista contó con el respaldo de la gente en dos elecciones más y su período al frente de la provincia ya cumplió 9 años y aún le restan 3 para cumplir su tercer mandato.
Gioja llegó a la gobernación tras vencer en las urnas a Roberto Basualdo, su antiguo aliado y desde esa época, referente de la oposición con el que compitió en dos oportunidades más. El día de la asunción, habló por primera vez como jefe de Estado en la Cámara de Diputados. En el recinto en el que siempre contó con la mayoría necesaria para aprobar los proyectos que elaboró desde el Ejecutivo, aseguró que la provincia +estaba financieramente muy comprometida+, pero finalizó su discurso con un contundente +si se puede, si se puede+ para salir a flote de la delicada crisis económica. En su discurso, esbozó su plan +La Segunda Reconstrucción de San Juan+ e hizo hincapié, con declaraciones de principios más que con anuncios concretos, en las áreas a desarrollar. Así manifestó, entre los aspectos más salientes, que iba a poner en ejecución políticas de emergencia para toda la población, una reestructuración completa de la administración del servicio educativo, lograr que los hospitales funcionen y desburocratizar la Obra Social Provincia, equilibrar las cuentas públicas y evitar la evasión impositiva.
Durante su gestión, mantuvo una excelente relación con el presidente Néstor Kirchner y con quien lo sucedería, su esposa Cristina Fernández. Esos vínculos le permitieron recibir partidas de la Nación que, sumados a los fondos locales, fueron los recursos vitales para encarar obras de pavimentación, de construcción de escuelas y de infraestructura edilicia. Entre las obras emblemáticas se destacan la finalización del Centro Cívico, el estadio del Bicentenario de Pocito y el dique Los Caracoles, entre otras. Aquel acto de asunción en el Auditorio Juan Victoria estuvo cargado de emoción ya que el bastón de mando se lo entregó su esposa Rosa Palacio y se fundió en un cálido abrazo con su hijo Franco, quien tiene síndrome de down.