En dos ocasiones había competido para ser rector de la Universidad Nacional de San Juan (UNSJ) y en ambas había perdido. Pese a esos antecedentes, Benjamín Kuchen se presentó por tercera vez y al final, la elección del 15 de junio de 2002 resultó la decisiva. El entonces director del Instituto de Automática llegó al máximo cargo universitario al imponerse sobre Luis Meritello con el 62 por ciento de los votos. Tras esa victoria, consolidó su poder, logró dos reelecciones y se mantuvo al frente de la UNSJ durante 10 años.

En ese primer comicio, Kuchen se mostró como el candidato que no tenía (y no tiene) ninguna afiliación partidaria y su propuesta se centró en el plano académico. El perfil que cultivó a lo largo de los años fue el de una autoridad conciliadora. Los 10 años que estuvo al frente de la casa de altos estudios coincidieron con las gestiones que lideró José Luis Gioja, con quien mantuvo una relación institucional. En su vínculo con los docentes, estuvo de su lado durante los conflictos salariales, al punto de acompañarlos durante una marcha en el microcentro, actitud que le costó una serie de críticas.

El camino que lo condujo a aquel primer triunfo no fue fácil. El 6 de junio de 2002 se realizaron los comicios universitarios para elegir al sucesor del rector Romeo Platero. Los candidatos fueron cuatro: Kuchen, Meritello, Tulio Del Bono (quien había sido la máxima autoridad de la Universidad y actualmente es secretario de Ciencia y Tecnología del Gobierno provincial) y Emilio Fernández (quien en ese entonces era vicerrector y luego sería ministro de Gobierno de la gestión giojista). En esa primera vuelta, ninguno de los postulantes obtuvo el 50 por ciento de los votos, el porcentaje mínimo para consagrase como rector. La pelea para el balotaje quedo reservada para los dos candidatos que obtuvieron mayores porcentajes: Kuchen, que se alzó con el 35 por ciento, y Meritello, que consiguió el 26 por ciento.

El director de Automática conquistó el respaldo del sector de Del Bono, mientras que su rival se posicionó cerca de Fernández, quien no le brindó un apoyo explícito. En ese contexto, aquel 15 de junio, Kuchen aventajó por 24 puntos porcentuales a su contrincante. En 2005 obtuvo la reelección luego de que Roberto Gómez Guirado se bajara de la segunda vuelta y en 2008 ganó su tercer comicio al vencer a Ricardo Pintos, también en el balotaje.