El escrutinio definitivo de las Primarias Abiertas, Simultáneas y Obligatorias (PASO) arrojó cambios luego del conteo provisorio y abrió una polémica. En primer lugar, los candidatos locales del presidenciable Javier Milei, de La Libertad Avanza, fueron, al final, los más votados en las categorías de diputados nacionales y parlamentarios del Mercosur, por lo que desplazaron a los de Unión por la Patria (UxP) al segundo puesto. Así, esta última alianza salió primera en la de senadores, con Sergio Uñac a la cabeza, aunque su diferencia se redujo a 214 sufragios. Por otro lado, hubo revuelo porque el postulante a diputado nacional libertario, José Peluc, expuso un "acuerdo" entre fiscales de Juntos por el Cambio y de la lista giojista de UxP con presidentes de mesa para computar menos votos de La Libertad Avanza. El secretario Electoral, Edgardo Benítez, confirmó que, en las urnas de algunas mesas, "existió una cantidad de votos y se había consignado una cifra menor" en el certificado de escrutinio, lo que se subsanó con el definitivo. No obstante, señaló que, si constatan irregularidades, las personas involucradas, de mínima, no volverán a ser autoridades de mesa.
El recuento realizado por las autoridades de la Secretaría Electoral del Juzgado Federal Nº1, en conjunto con los apoderados de las agrupaciones, reflejó que Milei fue el presidenciable que más votos cosechó en San Juan con 147.135. Lo siguió UxP con 124.333 (97.017 para Sergio Massa y 27.316 para Juan Grabois), mientras que en el tercer casillero se ubicó JxC con 119.823 (64.783 para Horacio Rodríguez Larreta y 55.040 para Patricia Bullrich). El "león" también "triunfó" en la categoría nacional de Parlasur y arrastró al podio a sus aspirantes en diputados nacionales y parlamentarios del Mercosur. De estas dos últimas, en la primera, subió 5.416 votos con respecto al conteo provisorio, mientras que, en la segunda, aumentó 5.767 sufragios. Los candidatos de UxP y JxC también incrementaron sus guarismos, aunque en menor número que los libertarios (ver infografía).
El crecimiento de las cifras obedece a que subió la cantidad de electores computados, ya que en el definitivo hubo 436.796, mientras que, en el provisorio, 417.668. En el caso de los candidatos de Milei, se le debe agregar que se sumaron los que no se habían contabilizado en ciertas mesas de Rawson y Chimbas, por ejemplo. El frente UxP retuvo el máximo escalón en la categoría de senadores, aunque se redujo la distancia, luego de que en el recuento provisorio se había impuesto en la de diputados nacionales y parlasur.
En conferencia de prensa, Peluc le pidió a la Secretaría Electoral que elijan bien a las autoridades de mesa y que, inclusive, den a conocer el listado. Benítez indicó que no hay ningún problema en publicar el grupo de inscriptos, pero aclaró que es variable debido a que suelen bajarse y hay modificaciones. De hecho, reconoció que, cuatro días antes de las PASO, renunció entre el 20 y el 25 por ciento de los presidentes de mesa, lo que calificó como algo "absolutamente anormal". Esos porcentajes representan entre 362 y 452 personas de los 1.810 que se necesitaron el domingo pasado. Por eso, tuvieron que echar mano del resto de los anotados. También hay 1.810 suplentes o vicepresidentes de mesa, que son necesarios cubrir. En ese marco, el secretario señaló que, habitualmente, una semana antes de los comicios, las "bajas son de 12 o 13 personas". Según indicó, el motivo fue por el bajo aporte de Nación, que fue de 10 mil pesos. En las dos contiendas provinciales, fue de 15 mil y 25 mil pesos. En ese marco, explicó que las autoridades "quizás, no estuvieron capacitadas como estamos acostumbrados", aunque aclaró que, si hubo alguna actuación irregular, se analizará para tomar medidas, como la negativa a seguir cumpliendo esa tarea en otras elecciones.