Fueron 9 años de Argentino A en esta segunda experiencia de Desamparados. Aquella frustración del 1997 había quedado sepultada por la inmensa alegría del 29 de mayo de 2004 cuando Desamparados retornó al Argentino A tras las finales contra Rosario Puerto Belgrano. Desde ahí vino el protagonismo puyutano fue grande en la divisional. Primero, el subcampeonato de ese mismo 2004 tras caer con Ben Hur de Rafaela. Fueron varias campañas memorables hasta tocar techo en diciembre de 2006 cuando se consagró campeón del Apertura en la recordada final contra Santamarina de Tandil, lograda por las manos milagrosas de un tal Emmanuel Guirado. En 2007, el escándalo por aquel empate sin goles con San Martín de Mendoza, que puso a Sportivo en Promoción frente a Maipú. Pero Sportivo siguió insistiendo, Recuperó su mística y en 2011 logaría la gran hazaña de este paso por el Argentino A: ascender a la B Nacional. Fue en Promoción ante los tucumanos. Era la cúspide del paso puyutano por la categoría pero se desmoronó todo en apenas 10 meses, cayendo desde aquella B Nacional a este Argentino B.