En medio de su conflicto con Corinthians, Matías Rojas aparece en el radar del Consejo de Fútbol de Boca para sumarlo al plantel de Diego Martínez. Si bien el paraguayo se fue de Racing como una de las figuras, en el Timao no pudo demostrar su mejor nivel.
Luego de llegar en el último mercado de pases en condición de libre desde la Academia, el mediocampista disputó 20 partidos en el equipo dirigido por Mano Menezes, quien reemplazó a Vanderlei Luxemburgo en septiembre. Durante dichos encuentros, en su mayoría por la Serie A del Brasileirao, el exjugador de Lanús y Defensa y Justicia no convirtió ningún gol y entregó dos asistencias.
No solo su bajo rendimiento le jugó una mala pasada, sino que también las lesiones. A penas llegó al equipo de San Pablo se perdió seis encuentros por un esguince en su tobillo, y luego no fue convocado en varios partidos. La última vez que sumó minutos en el Corinthians fue en la derrota por 5-1 ante Bahía, el pasado 25 de noviembre. El cumulo de estas cosas hizo que los dirigentes de uno de los grandes de Brasil pusieran los ojos en Rodrigo Garro (ahora ex-Talleres) para reemplazarlo.