Como en la mayoría de los ríos cuyanos, hay que diferenciar lo que se denomina ‘temporada de pesca‘ de ‘temporada pescable‘. La reglamentación establece que desde el 15 de septiembre al 15 de abril de cada año, los aficionados puede capturar y sacrificar una trucha por pescador y por día, en tanto el resto del año, las posibilidades se remiten a la devolución obligatoria, siempre hablando de pesca con artificiales de un solo anzuelo. Pero, por qué devolver el pez vivo al agua: los aficionados afirman que es un modo de mejorar la calidad de la pesca, ya que esto permite que los peces alcancen con el tiempo un mayor tamaño.
El río San Juan evidencia, como ningún otro, el enturbiamiento producido por los deshielos estivales, agravado en ocasiones por las torrenciales lluvias veraniegas, tornándolo absolutamente impescable con métodos deportivos. Este fenómeno abarca los meses de septiembre a marzo inclusive en la mayoría de los ciclos hídricos.
