Al frente de la Conferencia Episcopal Argentina, la que presidió en el período 2006-2011, Jorge Bergoglio mantuvo un tenso y complicado vínculo con los Kirchner. El nuevo Papa no ahorró críticas frente a los problemas sociales del país, la forma de conducción del matrimonio presidencial y medidas como el matrimonio igualitario; reclamos que plasmó tanto en comunicados como en misas, actos oficiales o en los tradicionales tedeum. Desde la Casa Rosada, Néstor Kirchner llegó a calificarlo como un representante de la oposición, mientras que la relación con Cristina tuvo vaivenes, aunque la mandataria no se privó de devolverle cuestionamientos y pases de factura.

Frente a las críticas de carácter social que enviaba Bergoglio en sus misas, los Kirchner no ocultaron su malestar y en varias ocasiones decidieron trasladar el tedeum oficial del 25 de Mayo, que se realiza en la Catedral porteña, a diócesis que consideraban más afines. El punto crítico de la relación se produjo cuando el kirchnerismo lo quiso poner frente a la Justicia por una causa vinculada al robo de bebés en la dictadura militar y en otra por haber “entregado” a los sacerdotes jesuitas Orlando Yorio y Francisco Jalics, secuestrados por un grupo de tareas. “Hice lo que pude con la edad y la poca influencia que tenía”, explicó sobre aquel episodio en una de las pocas entrevistas que concedió.

Otro de los ejes que lo enfrentó, en este caso, con Cristina fue el proyecto de unión civil entre personas del mismo sexo, el cual terminó convirtiéndose en ley. Bergoglio se puso al frente de la marcha contra el matrimonio gay y envió una carta a todos los sacerdotes, en la que pidió que se hablara en todas las misas sobre “el bien inalterable del matrimonio y la familia”. Desde el Ejecutivo nacional, CFK respondió que “me preocupa el tono que ha adquirido el discurso, se plantea como una cuestión de moral religiosa y atentatoria del orden natural, cuando en realidad lo que se está haciendo es mirar una realidad que ya está”. El ahora Sumo Pontífice también se manifestó en contra de la despenalización del consumo de marihuana y del avance del debate sobre la despenalización del aborto, propuestas de la agenda kirchnerista. En el duelo discursivo que mantuvo con el Gobierno en 2009, Bergoglio disparó duro cuando lanzó que “el peor riesgo es homogeneizar el pensamiento”, llamó a terminar con la “crispación social” y que “desde hace años que el país no se hace cargo de la gente”.