En las elecciones de 1999, San Juan se convirtió en referencia nacional. El 16 de mayo, Alfredo Avelín se consagró en las urnas como nuevo Gobernador y le dio al primer triunfo a la Alianza en el interior del país. La fórmula presidencial de Fernando De la Rúa y Carlos Chacho Alvarez no tardaron en hacer pie en la provincia, para festejar y capitalizar el resultado de cara a la contienda que debían protagonizar en el mes de octubre.

Para Avelín, fue una victoria histórica. Fueron horas y horas de negociaciones, hasta que los socios de la Alianza por San Juan se pusieron de acuerdo en los nombres que iban a integrar la lista para darle pelea al justicialismo, que llevaba a Jorge Escobar por un nuevo periodo como Gobernador. El cruzadista se impuso con el 56 por ciento de los votos y así, se convirtió en el primer mandatario de la provincia en su octavo intento por llegar al cargo.

La contienda se había polarizado. Avelín prometía darle transparencia a la gestión estatal y Escobar venía de sufrir un fuerte desgaste en el final de la campaña, con su gestión cuestionada y pegado a la gestión del por entonces presidente Carlos Saúl Menem, a la que le llovían las críticas por presuntos hechos de corrupción.

La Alianza se impuso en distritos vitales, como la Capital. La de ese año fue la última elección donde se permitieron los lemas y el hijo del líder cruzadista, Alfredo Avelín Nollens, le ganó a los tres candidatos del PJ: Daniel Coll, Nélida Martín y Roberto Basualdo. El sistema le permitía al primero sumar los votos de los otros dos, pero ni siquiera así pudieron ganar.

La euforia se hizo sentir. Con la presencia de las figuras nacionales, bloquistas, radicales y cruzadistas armaron un gran escenario en la plaza 25 de Mayo. La algarabía de las miles de personas que llegaron hasta el corazón de la ciudad duró hasta altas horas de la madrugada, con Avelín en el centro de la escena.

En el país, en la disputa por el sillón de la Rosada, la tendencia también favorecía a la Alianza. Finalmente, meses después, De la Rúa se impuso sobre el justicialista Eduardo Duhalde.

El final no tuvo nada que ver con la alegría de aquel histórico 16 de mayo. Como pasó en la Nación en 2001, la gestión de la Alianza en San Juan terminó en 2002 en una profunda crisis económica e institucional que derivó en la destitución de Avelín. En su lugar asumió su vicegobernador, el bloquista Wbaldino Acosta.