Dentro de los hechos más destacados vinculados con la historia de San Juan en el marco del Bicentenario, hay una etapa de fundamental importancia que va desde 1821 hasta la Organización Nacional.
Para esa época, así como en Buenos Aires y en otras provincias, también San Juan trataba de organizar la provincia. En el año 1821, al asumir el mando Don José A. Sánchez, fue convocado el pueblo a Cabildo abierto; acordándose en un Acta respectiva donde reza lo siguiente: "se crease y erigiese una Corporación Representativa del pueblo, la que, invistiendo el carácter de Soberana, Legislativa y Constituyente, dictase una Constitución para la Provincia…"
Dicha Constitución vino a reemplazar el Cabildo, integrándola once ciudadanos; nueve por capital, uno por Jáchal, y otro por Valle Fértil.
A mediados de 1822 se reunían en San Miguel de Las Lagunas representantes de las tres provincias cuyanas con el fin de formar una Autoridad Central representativa de la Nación. Los delegados por San Juan fueron; el Dr. Salvador María del Carril y el Coronel José María Pérez de Urdininea.
Desde 1823 a 1825 durante la gobernación del Dr. Salvador María del Carril, San Juan experimenta un impulso renovador; mejoras en la instrucción pública: aparecen las primeras publicaciones. Registro Oficial, Defensor de la Carta de Mayo, El Amigo del Orden y El Solitario; se inicia un censo agrícola, fomento de las industrias locales. En tren de reformas este gobernador llegó a legislar en materia de jurisdicción eclesiástica.
Todo esto lo concretó en su famosa Carta de Mayo, tan discutida y combatida en su tiempo.
En abril de 1827 los tres gobernadores de Cuyo firman el Tratado de Huanacache, por el cual se obligaban a prestarse mutua ayuda; ofensiva y defensiva; así mismo se comprometían a sostener en sus respectivas provincias, como única y verdadera religión, la católica, apostólica romana.
En 1828 fue la creación del Vicariato Apostólico de Cuyo. Con el correr de los años en 1833 entre el Vicario Apostólico, Fray Justo y el gobernador Don Valentín Ruiz se celebró un Concordato, tendiente a concertar la creación del Obispado de Cuyo, según lo exigía la Santa Sede.
En este período ocurrió un acontecimiento penoso para la provincia; fue la inundación del río San Juan, destruyendo gran parte de la ciudad y las iglesias céntricas, las calles principales se convirtieron en verdaderos ríos.
Esta catástrofe hizo pensar en defenderse de nuevas avalanchas. Lo que originó el comienzo de la obra del Partidor San Emiliano, en tiempo del gobernador Yanzón, y continuó la obra el gobierno del General Benavides.
Todos estos datos han sido obtenidos del Anuario General de San Juan; según: Segundo A. Derito, N. Uribe Yanzón y Eduardo Alborch (1942-1943).