La primitiva iglesia de Santo Domingo, tenía el frente a calle Mendoza (Ex Real de las Carretas), de reducidas dimensiones, resultó chico al ir creciendo la población, se hizo necesario construir una más amplia, pero mirando hacia Avda. Libertador, actual. Para la construcción de este nuevo templo se tuvo la ayuda de Domingo F. Sarmiento y Saturnino de la Precilla, el pueblo colaboró generosamente y de acuerdo a sus posibilidades, en 1864 se puso la piedra fundamental. Se cumplían los deseos de Fr Aramburu, quien el mismo transportaba los pesados adobones y el padre Fr Paulino Albarracín, benemérito sacerdote nacido en San Juan el 8 de mayo de 1822, hijo legítimo de don Agustín Albarracín y de Dominga Guerrero.
Defendió valientemente los derechos de la Iglesia, especialmente de la Orden, contra la pretensión del Gobierno de San Juan que había dictado una Ley confiscando los bienes del convento: apeló a la Suprema Corte de la Nación, declarando nula la Ley de la Legislatura de San Juan.
La construcción de la nueva iglesia fue dirigida por Lorenzo Anzelotti, la misma sufrió desviaciones en el alzado por efectos del terremoto del 22 de octubre de 1894. En 1905 con la llegada de Fr Raimundo Gavelich se reanudaron los trabajos tras serios estudios y arduas discusiones, la dirección de los planos fue realizada por el Sr. Mai de Santa Fe y la empresa constructora fue la de Carlos Varese e hijos. El 6 de junio de 1908 se inauguró la mitad de la iglesia. La misma tenía tres naves y crucero. Las dimensiones eran 60 m. de largo por 18 de ancho. Se adquirieron en París los cuadros del Vía Crucis, el púlpito de madera fue donado por Luis Ortiz Basualdo de la Capital Federal. Hoy está en el ambón de la iglesia y en el frontal del altar mayor. El par de pilas bautismales de mármol de carrara fueron donadas por Lucila y Adelaida Doncel. La lámpara de bronce por Inés y Eugenia Tudela. Una pila de mármol rosado por el Vto. Obispo de San Juan de Cuyo monseñor Marcolino del Carmelo Benavente. Una custodia de metal y oro donado por el pueblo de San Juan, por citar solo alguno de los donativos.
Este templo llamaba la atención de los viajeros tanto que uno de ellos escribió en el Diario La Nación de la Capital Federal y en el Porvenir de San Juan: ‘Llama la atención el templo de Santo Domingo, de 2054 metros cuadrados, el frente majestuoso imponente, ofrece un aspecto gentil y agradable. Las naves laterales constan de una o dos capillas separadas por arcos de medio punto, coronadas por cúpulas dotadas de linternas. La nave central ofrece una novedad, tiene un aspecto despejado y airoso…”
Este templo quedó muy averiado cuando el terremoto del 15 de enero de 1944 y tuvo que ser demolido. Luego se construyó el templo actual que nuevamente fue dañado por el terremoto de diciembre de 1977, siendo consolidado y refaccionado.
En cuanto al convento fue un centro de irradiación cultural. Fundaron noviciado para los estudiantes de la Orden, una escuela de enseñanza primaria que con el tiempo pasó a ser de enseñanza media. Cuando Fr Justo estudiaba allí, florecía la cátedra de Lógica regenteada por su tío materno Fr Anselmo Remigio Albarracín. Desde la fundación del convento hasta el año de la Independencia 43 frailes se desempeñaron como priores.