Hacia 1924, la convulsionada provincia de San Juan, se debatía entre las intervenciones federales y los gobiernos cantonistas. En ese marco, un grupo de obreros, de la firma "Santiago Graffigna”, competía en el Fútbol Libre, bajo el nombre de "Club Atlético Colón”, en referencia al barco "Cristóbal Colón”, que en 1875 trasladó a la Argentina al fundador del "imperio”. Aquellos pioneros jugaban en unos terrenos ubicados en las cercanías de la actual avenida de Circunvalación entre calles Doncel y Ramón y Cajal, en el antiguo distrito de Desamparados.
Juan Antolín Graffigna, hijo de Santiago y un hombre de una gran visión promueve la fundación de un club en unos terrenos de La sociedad, ubicados al Oeste de la "Bodega Graffigna”, objetivo que no logra concretar, por que muere inesperadamente en los albores del año 1925. Su hermano Alberto toma la posta y junto a los empleados de la empresa fundan, el 2 de setiembre de 1925, el "Club Atlético Juan A. Graffigna”, en homenaje al benefactor desaparecido. Su primer presidente fue Juan Nuche, quién eligió los colores azul y amarillo. Él era fanático de San Lorenzo de Almagro, de cuyos colores extrajo el azul, que a la vez simbolizaba el color de los mamelucos de los obreros. Lo unió al amarillo, que significaba la honorabilidad de las personas. El Club Graffigna obtiene los Campeonatos de 1927, 1930, 1931, 1933, 1938 y 1942, transformándose junto a San Martín y Atlético de la Juventud, en los equipos más ganadores de la época. Llegado el año 1964, se decide por asamblea, volver al nombre de fundación (Club Colón), pero Personería Jurídica no lo permite, por que existía otra institución en Caucete con la misma denominación; por lo que la asamblea agrega el término "Junior”, que significa "Joven Colón”, y se transforma en "Club Atlético Colón Junior”. Este fue el tercer nombre que toma la entidad en su historia. Entonces se adoptó como color oficial el blanco. De aquí nace el apelativo de "Merengues”. Recurriendo a la memoria urbana es necesario nombrar a algunos de los jugadores que a través de la historia defendieron con alma y vida estos colores, el azul y amarillo primero y luego "el blanco merengue”. Es así como surgen Vicente Petrignani, Carmelo y Demetrio Antunez, José Ferreyra, Fermín Pastor, Pedro Ortiz, Leopoldo Carrizo, Hugo Medawar, Benito Aballay, Dante Juárez, Alejo Quevedo, Juan Pérez, Pedro Grecco, Rómulo Díaz, Gabriel Navarro, Francisco Palacios, Osvaldo Pereyra, Walter Carrizo, David Pelletán, Jorge Guevara, José Gayá, Walter Blasco, Cristian Moreta, José Goria, Eduardo Magallanes, Ricardo Marín, y otros cientos de nombres que a través de 92 años de vida formaron lo que históricamente ha sido la mejor escuela del fútbol bien jugado de San Juan.