Boudou está involucrado en varias investigaciones judiciales sobre su participación en la función pública.
En una de las causas se investiga si Boudou utilizó un helicóptero de Ecodynamica Constructora, una contratista del Estado, para viajar hasta la ciudad balnearia bonaerense de Necochea, donde asistió a un acto político, tal como denunció luego el abogado Ricardo Monner Sans, titular de la Asociación Civil Anticorrupción. La empresa dueña de la aeronave pertenece a Juan Ángel Bernardo Scaramellini, quien busca realizar las obras del nuevo puerto de Necochea.
Boudou también es investigado por el juez Claudio Bonadio por tener a su nombre un auto con papeles falsos. Es una Honda CRX Del Sol modelo 92. La camioneta fue adquirida en 2003 a su nombre, pero la documentación con la que se hizo el trámite era apócrifa.
En 2003 Boudou inició el trámite para cambiar la radicación del vehículo, que estaba radicado en Moreno. En el formulario 04 por el que se pide el cambio de radicación la firma de Boudou es verdadera. Pero para realizar el trámite y pasar el auto desde Moreno a Capital, el ministro dio un domicilio que no existe.
Pero hay otra causa judicial sobre autos que implica a Boudou por su paso por el ministerio de Economía. En ella se investiga la compra, sin la obligatoria licitación pública, de 19 autos de lujo por $ 2.131.400.
Por último, el vicepresidente es investigado por dos denuncias que hizo el diputado Claudio Lozano por el manejo de los fondos jubilatorios. La primera, sin avances, fue para que la Justicia investigue un faltante de 4.200 millones de pesos de la Anses. La otra, que sigue en pie según pudo saber Clarín.com, es para determinar si Boudou, a través del organismo previsional, compró acciones de empresas vinculadas a funcionarios del Ministerio de Economía.